Capivaras, sucuris, queixadas, ariranhas, araras-azuis e jaguatiricas são comuns e é possível até mesmo ver o mais evasivo mamífero sul-americano: a onça-pintada.

A onça-pintada do Pantanal, o maior felino das Américas é um animal de hábitos noturnos, caçando capivaras, veados, peixes e aves. A onça adulta pode chegar a dois metros de comprimento e pesar 160 kg. É encontrada também em regiões de mata atlântica e Amazônia.

Possui uma impressionante diversidade na fauna e flora. São 1.132 espécies de borboleta, 656 de aves, 122 de mamíferos, 263 de peixes e 93 de répteis. Na época das chuvas, entre outubro e fevereiro, o Pantanal fica praticamente intransitável por terra. No restante do ano, o solo forma um excelente pasto para o gado, em algumas áreas, base da economia da região, além do garimpo de ouro e diamante. O Pantanal é, também, um dos principais destinos de turismo ecológico no Brasil.

A partir de novembro, com o início do trimestre chuvoso nas regiões altas da bacia hidrográfica, sobe o nível dos rios, provocando as enchentes na planície. Em maio, as chuvas param e as águas começam a baixar lentamente.

Nos terrenos alagados são formados inúmeros corixos e vazantes e uma grande quantidade de peixes fica retida em lagoas e baías.

A abundância atrai muitas aves em busca de alimento, formando um belo espetáculo. É esse movimento que garante a manutenção das espécies e torna o Pantanal um lugar especial e único.